Za varnost in zaščito v aplikaciji Halcom One skrbi integrirana varnostna knjižnica mobilnih enkratnih gesel (angl. mOTP) svetovno priznanega ponudnika varnostnih elementov Thales DIS (prej Gemalto).
Varnost sistema Halcom One z integrirano mOTP knjižnico je zasnovana na osnovi namensko izdelanih ključev, ki se na varen način hranijo na uporabnikovi mobilni napravi, in omogočajo izdelavo enkratnih gesel (angl. OTP – one time password) na podlagi mnogih kriterijev (trenutnega časa, uporabnikove identitete, enoličnega identifikatorja mobilne naprave, sistemske zaščite, podpisnih podatkov, ipd.).
Halcom One integrirana mOTP knjižnica omogoča tudi dodatne varnostne mehanizme za zaščito ključev (kriptiranje, nestrukturiran zapis ključev), uporablja prikritost kode (angl. code obfuscation) ter mogoča odkrivanje ti. root/jailbreak obvodov mobilnih naprav.
Mobilna aplikacija Halcom One uporablja močno dvonivojsko avtentikacijo, ki zagotavljata najvišjo raven varnosti podpisovanja digitalnih dokumentov po načelu »nekaj, kar ima samo uporabnik (Halcom One mobilna aplikacija oz. mobilna naprava)« in »nekaj, kar ve samo uporabnik (PIN koda)« oziroma »nekaj kar uporabnik je (prstni odtis ali prepoznava obraza)«.