Stopnja varnosti digitalnega podpisovanja je odvisna od nosilca oz. medija, na katerem imetnik digitalnega potrdila hrani svoj zasebni ključ. Trenutno največjo varnost zagotavljajo pametne kartice, katerih glavna prednost je ta, da zasebni ključ nikoli ne zapusti kartice, saj šifriranje in digitalno podpisovanje poteka na sami kartici.
Varnost elektronskega podpisovanja temelji tudi na dolžini javnih in zasebnih ključev, saj le z dovolj velikimi ključi lahko onemogočimo razbitje javnega ključa in s tem določitev pripadajočega zasebnega ključa.
Osnovni pogoj za uporabo varnostnih metod elektronskega poslovanja pa je overjanje javnih ključev, ki ga v svetu elektronskega poslovanja izvajajo overitelji oz. certifikatne agencije (Certification Authority – CA). Overitelj izda lastniku digitalno potrdilo, s katerim imetnik dokazuje lastništvo ključa in z digitalnim podpisom tudi svojo identiteto v svetu elektronskega poslovanja.