Nivo sigurnosti elektronskog potpisivanja zavisi od medija na kojem vlasnik elektronskog sertifikata drži svoj privatni ključ. Trenutno najveću sigurnost pružaju pametne kartice, čija je glavna prednost to što privatni ključ nikada ne napušta karticu, jer se na samoj kartici odvijaju kriptovanje i elektronsko potpisivanje.
Sigurnost elektronskog potpisivanja temelji se i na dužini javnih i privatnih ključeva jer samo sa dovoljno velikim ključevima možemo sprečiti narušavanje javnog ključa i time odrediti odgovarajući privatni ključ.
Osnovni uslov za upotrebu sigurnosnih metoda elektronskog poslovanja je overa javnih ključeva koje u svetu elektronskog poslovanja obavljaju sertifikatne agencije (CA). Sertifikaciona agencija izdaje vlasniku elektronski sertifikat, s kojom vlasnik dokazuje vlasništvo ključa, a elektronskim potpisom i svoj identitet u svetu elektronskog poslovanja.