Svaki nosilac kvalifikovanog elektronskog sertifikata ima dva ključa, privatni i javni ključ. Privatni ključ omogućava formiranje elektronskog potpisa koji je jedinstven za svakog vlasnika, a javni ključ je dostupan svakome.
Elektronski dokumenti se potpisuju svojim privatnim ključem, dok se potpis proverava javnim ključem potpisnika. Ključevi su među sobom tako povezani, da dokument, koji ste potpisali privatnim ključem, može se utvrditi samo parnim javnim ključem. Struktura podataka koja povezuje nosioca sa njegovim ključem, naziva se elektronski sertifikat.